Desde mediados de la década de 1960 hasta la actualidad, los departamentos de Caquetá y Putumayo han tenido la presencia de diferentes grupos armados ilegales. Para las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), estos departamentos, y especialmente Caquetá, tienen varias connotaciones, en lo histórico y lo político, por haber sido el lugar donde se creó y consolidó el Bloque Sur, además de haber sido donde se refugiaron los principales comandantes del Secretariado y por último haber sido la sede de las negociaciones con el gobierno de Andrés Pastrana, desarrolladas entre 1998 y 2002.
De igual forma, desde 1980 estos departamentos cobraron gran importancia para la expansión y financiación de las FARC, al involucrarse cada vez más en actividades relacionadas con el narcotráfico.
En los últimos 14 años, estos dos departamentos se han convertido en casos emblemáticos de las transformaciones que ha experimentado el conflicto armado colombiano. Caquetá, al ser bastión político y militar de las FARC, fue uno de los departamentos seleccionados en los diferentes programas de recuperación territorial que han implementado los últimos cuatro gobiernos nacionales; mientras que Putumayo se volvió estratégico para esta guerrilla porque se convirtió en una zona de repliegue, especialmente entre 2005 y 2008, y con la implementación del plan “Renacer” en 2009, le permitió controlar extensas zonas de frontera, de baja presencia estatal y relevancia estratégica para el negocio del narcotráfico. En el presente, los dos departamentos han sido focalizados por los planes de guerra Espada de Honor I y Espada de Honor II, y por el Plan de Consolidación Territorial.
Adicionalmente, Putumayo y Caquetá han sido áreas de disputa entre actores armados por el control de los cultivos de coca, procesamiento y comercialización de drogas. Desde 1998 hasta 2006, el Bloque Sur de las FARC sostuvo enfrentamientos con grupos paramilitares como el Bloque Sur de los Andaquíes del Bloque Central Bolívar (BCB) en Caquetá, y el frente Sur Putumayo del BCB. Después de las desmovilizaciones de estas estructuras, en Caquetá no se tuvo conocimiento de actividades recurrentes por parte de bandas criminales asociadas al narcotráfico, por lo que las FARC se convirtieron en el actor armado ilegal predominante, aun y cuando en 2014 se identificó la presencia de un grupo denominado Águilas Negras dedicado a ajustes de cuentas y hechos de “limpieza social”. En el mismo periodo, las estructuras de las FARC en Putumayo mantuvieron alianzas con bandas criminales y en 2014, conviven en el mismo escenario con la banda de Los Rastrojos a partir de su participación en el negocio del narcotráfico.
A pesar de los diferentes operativos en contra de las FARC por la fuerza pública y del debilitamiento de su poder militar, en la actualidad el Bloque Sur es la unidad militar predominante en los dos departamentos además de ser la segunda estructura más fuerte de esa guerrilla en el país, después del Bloque Oriental. Este bloque es comandado por Milton de Jesús Toncel Redondo, alias ‘Joaquín Gómez’, y desde febrero de 2014, dos de sus principales integrantes entraron a formar parte del equipo negociador de la guerrilla en los diálogos de paz entre el gobierno nacional y las FARC, que se llevan a cabo en La Habana (Cuba) desde septiembre de 2012. Se trata de José Benito Cabrera Cuevas, alias ‘Fabián Ramírez’, segundo al mando del Bloque Sur y pieza clave para las finanzas de las FARC y Pedro Nel Daza Martínez alias ‘Jairo Martínez’, ex comandante del frente 14 con presencia en Caquetá.
Entre 2013 y 2014, el Bloque Sur ha continuado adaptándose a las nuevas coyunturas, entre las que se encuentran la implementación del Plan Espada de Honor 2 y la creación del Comando Conjunto No. 3 del Suroriente con jurisdicción en Amazonas, Caquetá, Guaviare, Meta, Putumayo y Vaupés y más de 50.000 hombres a su disposición; esto teniendo en cuenta, además, tuvieron que asegurar la cohesión y organización en los frentes mientras se llevan a cabo los diálogos de paz entre el gobierno nacional y las FARC en La Habana (Cuba).
De igual forma, sobre esta zona se presentó también un cambio de mando en los frentes 14 y 49. Hasta febrero de 2014, el frente 14 estuvo comandado por Pedro Nel Daza Martínez alias ‘Jairo Martínez’, quién se unió a los diálogos de La Habana, y en la actualidad es dirigido por alias ‘Mojoso’, quién era jefe del frente 49 de las FARC. Por su parte, el frente 49 pasó a ser comandado por alias ‘Porcelana’, quién tiene la misión de fortalecer las acciones armadas en los municipios de la bota caucana, en la zona del río Caquetá y en Puerto Guzmán. Adicionalmente, en 2013 se produjo una reactivación del frente 3 de las FARC en el municipio de Florencia y en las zonas de piedemonte del departamento, y del frente 63 o frente Domingo Biojó en la zona del bajo Caquetá, en límites con el Amazonas.
En el caso de Putumayo, el frente 48 había sido la estructura de mayor presencia en el Bajo Putumayo y una de las más importantes para sus finanzas a nivel nacional, al regular el cultivo de coca y su comercialización. Sin embargo, a partir de la segunda mitad de 2013 y durante 2014, el bloque Sur tomó la decisión de otorgar un mayor protagonismo al frente 32, ante la necesidad de organizar y controlar las actividades del frente 48, sus finanzas y posibles situaciones de insubordinación. Como resultado, para abril de 2014 el frente 32 había expandido su zona de operaciones desde el Alto Putumayo hacia el Bajo Putumayo, y orientaba las acciones del frente 48 en dicha zona. Este último frente es comandado por alias “Robledo”.
Por su parte, el frente 32 de las FARC, al mando de alias “Caballo”, se ha encargado de la comisión de acciones armadas en el Alto y Bajo Putumayo, especialmente en contra de la infraestructura petrolera, y desde el segundo semestre de 2013, ha implementado un “Manual de convivencia para el buen funcionamiento de las comunidades” que establece restricciones a la movilidad, uso del suelo, oficios y otras disposiciones de regulación de la vida cotidiana de los habitantes de la zona.
La dinámica de conflicto en los departamentos de Caquetá y Putumayo ha dejado como resultado un impacto humanitario de proporciones significativas. A lo largo del periodo 2000-2013, tanto Caquetá como Putumayo, tuvieron tasas departamentales de homicidio que superaron al promedio nacional; en desplazamiento forzado Caquetá se ubicó como el sexto lugar más afectado del país después de Antioquia, Bolívar, Magdalena, Nariño y Cesar, y Putumayo se posicionó en el onceavo lugar. Además, Caquetá fue el tercer departamento con mayor número de víctimas por minas antipersonal después de Antioquia y Meta, y Putumayo fue el décimo lugar más afectado después de Antioquia, Meta, Caquetá, Norte de Santander, Nariño, Arauca, Cauca, Tolima y Bolívar.
Entre 2012 y 2013, en Caquetá los homicidios registraron un leve incremento al pasar de 269 en el primer año a 271 en el segundo, lo que equivale a un 1% adicional. Por su parte, la tasa de homicidio departamental se mantuvo igual para los dos años con 58 hpch, siendo superior al promedio nacional en ambos años (32hpch). Los municipios más afectados con el incremento de los asesinatos fueron Puerto Rico, Milán, La Montañita y San Vicente del Caguán. En el mismo periodo, se presentó un incremento del 28% en el número de víctimas por MAP en el departamento al pasar de 38 víctimas en el primer año a 49 en el segundo. En esos mismos años, se hizo visible una disminución en los secuestros al pasar de ocho a tres personas secuestradas en el departamento. Entre enero y el 1 de noviembre de 2013 se registraron 4.107 víctimas por desplazamiento en Caquetá. En ese año, San Vicente del Caguán se mantuvo como el principal municipio expulsor con el 21% de personas reportadas, seguido por Cartagena del Chairá con el 12%, Puerto Rico con el 11% y Florencia con el 9%.
En Putumayo, entre 2012 y 2013 los homicidios pasaron de 150 a 217, lo que equivale a un incremento de 45% entre los dos años, mientras la tasa de homicidio departamental pasó de 45 hpch en el primer año a 64,4 hpch en el último, manteniéndose por encima del promedio nacional. En ese mismo lapso, los secuestros presentaron un aumento al pasar de cero a nueve, distribuidos en el segundo año de la siguiente manera: tres en Villagarzón, dos en Orito, uno en Sibundoy y uno en Puerto Guzmán. Las víctimas por minas antipersonal, por su parte, presentaron una disminución de 52% al pasar de 61 en el primer año a 29 el segundo. En 2013, el departamento registró 2583 desplazamientos siendo Puerto Asís el municipio que concentró el 26% de las víctimas, seguido por Valle del Guamuez con 14% y Puerto Guzmán con 16%.
Entre 2013 y 2014, la confrontación armada tuvo un mayor impacto en los municipios del Bajo Putumayo, especialmente en los corregimientos Piñuña Blanco en Puerto Asís y Piñuña Negro en Puerto Leguízamo, al igual que en los corredores comprendidos entre Teteyé-Puerto Vega y Puerto Asís- San Miguel. De igual forma se presentaron hechos violentos en los municipios de Puerto Guzmán, Villagarzón y Orito.