Desde hace más de tres décadas y hasta hoy, los grupos armados ilegales de mayor presencia en el departamento de Arauca han sido las guerrillas de las FARC y el ELN, que además de contar con un fuerte poder militar que mantienen a través de la extorsión a la industria petrolera y las posibilidades que ofrece la región por ser zona de frontera (el paso al Estado de Apure en Venezuela es utilizado como zona de retaguardia y permite ejercer control sobre actividades de contrabando), también han tenido una importante influencia social facilitada por la débil institucionalidad y los altos niveles de corrupción que caracterizan el sector público del departamento.
En la dinámica reciente del conflicto en Arauca, posterior a la desmovilización paramilitar en 2005, las guerrillas iniciaron una fuerte disputa por el control del territorio en Arauca, en particular por la zona norte del departamento que colinda con Venezuela y que es de influencia de empresas petroleras. Esta disputa generó un aumento en los índices de violencia, alcanzando los 132 homicidios por cada cien mil habitantes en 2008, y registrando en 2007 el pico más alto de desplazamientos, pero que debilitó a ambos grupos guerrilleros que registraron los niveles más bajos en su accionar militar, ubicándose por debajo del esfuerzo desplegado por las iniciativas de la fuerza pública en todo el periodo que duró la disputa.
En 2010 se registró una reconfiguración en la dinámica del conflicto cuando los dos actores de más influencia, el ELN y las FARC, llegaron a un acuerdo de distribución territorial y no agresión. El acuerdo se mantuvo hasta mediados de 2013, cuando adicionalmente, ambos grupos decidieron de manera formal emprender la ofensiva contra la fuerza pública conjuntamente.
La unión de fuerzas entre ambos grupos guerrilleros durante el periodo posterior al acuerdo ha tenido entre sus más visibles efectos sobre la dinámica del conflicto en Arauca lo siguiente: 1) La actividad militar de los grupos guerrilleros presentó un pico que superó el accionar de la fuerza pública en 2011 y 2012; 2) La división territorial que antes habían establecido las FARC y el ELN se fue desvaneciendo; 3) No se han dado incursiones exitosas de otros actores armados ilegales como las bandas criminales.
Así, para 2012 y 2013 los grupos guerrilleros contaron con una importante presencia en el departamento, en particular en los municipios de Tame, Arauquita y Saravena, en donde realizaron de manera constante acciones como emboscadas, hostigamientos y ataques a la infraestructura petrolera y energética. Este despliegue es llevado a cabo principalmente por el Frente 10 de las FARC y el Frente Domingo Laín Saenz del ELN, que operan de manera conjunta en ciertas acciones, aunque según testimonios de pobladores de la zona, el ELN cuenta con mayor capacidad de acción y control territorial que las FARC.
No obstante, si bien el pico del accionar guerrillero sobrepasa la actividad guerrillera del periodo de disputa entre ambos grupos, no se compara con el accionar que estos desplegaron en los primeros años del 2000, y no necesariamente implica un fortalecimiento de los grupos. Por el contrario, la unión de fuerzas que ha dado pie a ese pico puede leerse como una medida adoptada para contrarrestar el debilitamiento de los grupos derivado del enfrentamiento que desarrollaron entre 2006 y 2010, y del accionar sostenido de la fuera pública durante ese periodo.
El impacto humanitario que se observa bajo este panorama es una disminución en la tasa de homicidios desde 2011, llegando a registrar en 2011 y 2013 tasas de homicidio bajas, una disminución en el número de desplazamientos del 65,2% entre 2012 y 2013, y una ligera disminución de accidentes con minas antipersonal. Pero, en contraposición, se ha presentado un incremento en el número de secuestros, que pasaron de 21 en 2011 a 35 en 2013, y en la cantidad de denuncias por extorsión entre 2011 y 2012.
Además, se sigue presentando una situación crítica frente a situaciones de menor visibilidad como el reclutamiento de menores que en zonas de alta presencia guerrillera se ha vuelto habitual y es una costumbre que las familias entreguen al menos a un menor a los grupos. Se suma que las comunidades indígenas que habitan en ciertas zonas del centro del departamento se encuentran confinadas por las FARC. Con relación a las minas, el municipio de Arauquita se ubicó en 2013 como el séptimo municipio con más accidentes por minas antipersonal.
A lo anterior se suma el interés de las guerrillas por ejercer control sobre la población en Arauca, algo que se refleja, por ejemplo, en la imposición de un Manual de Convivencia elaborado por el Bloque Comandante Jorge Briceño de las FARC y el Frente Oriental del ELN, con el que buscan regular el comportamiento y la movilidad y que puede conducir a acciones de limpieza social contra quienes no cumplan con las normas establecidas.